Сергей Ксенофонтов родился 8 января 1889 года в Туле, в семье ремесленника. Рано потерял родителей, воспитывался в приюте. После окончания двухгодичных педагогических курсов, работал учителем в земской сельской школе Тульской губернии.
В годы Первой мировой войны воевал в морской артиллерии города-крепости Кронштадта, в 12-й Армии Северного флота. Член ВКП (б) с октября 1918 года. С июля 1919 по июнь 1921 года по линии партийной мобилизации служил военным комиссаром Красной Армии, участвовал во всех боях, которые вела 6-я стрелковая дивизия.
После демобилизации, Сергей Алексеевич учится в аспирантуре Всеукраинского института марксизма-ленинизма по специальности «преподаватель диалектического и исторического материализма в вузах». В марте 1940 года Высшая аттестационная комиссия при Всесоюзном Комитете по высшей школе при СНК Союза ССР присваивает ему звание доцента. С августа 1940 года Сергей Ксенофонтов возглавляет Сталинский государственный педагогический институт.
В первые дни Великой Отечественной войны Сергей Алексеевич призван в ополчение и назначен старшим батальонным комиссаром эвакуационного госпиталя № 3433. Осенью госпиталь был эвакуирован в Анжеро-Судженск Кемеровской области, в августе 1942 года - в город Архангельск. Свой боевой путь майор С. А. Ксенофонтов завершил в должности старшего преподавателя фронтовых курсов политработников.
В сентябре 1945 года Сергей Алексеевич возвращается на Донбасс и вновь возглавляет Сталинский педагогический институт. Мудрый, отзывчивый человек, талантливый руководитель, учитель, оратор и заботливый наставник молодежи, почти 20 лет являлся первым лицом вуза. В ноябре 1977 года ветеран партии и труда С.А. Ксенофонтов представлял Донецкий государственный университет на торжественном заседании ЦК КПСС, Верховного Совета СССР и Верховного Совета РСФСР, посвящённом 60-летию Великой Октябрьской социалистической революции. С 1961 по 1983 годы работал доцентом кафедры философии. Награжден орденами: «Знак Почета», Трудового Красного Знамени, Красного Знамени, медалью «За победу над Германией в Великой Отечественной войне» и другими правительственными наградами. Умер в 1983 году.
