Иван Меркушев родился 23 июля 1923 года в деревне Верхняя Сенда (ныне - Мари-Турекский район Марий Эл). После окончания средней школы учился в сельскохозяйственном техникуме. В феврале 1942 года Меркушев был призван на службу в Рабоче-крестьянскую Красную Армию. В 1943 году окончил Краснодарское пулемётно-миномётное училище.

Принимал участие во многих боевых операциях Великой Отечественной войны. К апрелю 1945 года старший лейтенант Иван Меркушев временно исполнял обязанности командира дивизиона 120-миллиметровых миномётов 106-го миномётного полка 1-й миномётной бригады 5-й артиллерийской дивизии 4-го артиллерийского корпуса прорыва 3-й ударной армии 1-го Белорусского фронта. Особенно отличился во время штурма Берлина. В конце апреля 1945 года в районе станции метро «Шёнхаузен-Аллее», когда наблюдательный пункт Меркушева был окружён противником, он не покинул своего поста, продолжая руководить действиями дивизиона, вызывая огонь на себя.

Указом Президиума Верховного Совета СССР от 31 мая 1945 года за «образцовое выполнение боевых заданий командования на фронте борьбы с немецкими захватчиками и проявленные при этом мужество и героизм» старший лейтенант Иван Меркушев был удостоен звания Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда».

После окончания войны Меркушев продолжил службу в Советской Армии. Затем жил в Донецке, Алчевске. В 1956 году окончил курсы усовершенствования офицерского состава. В 1971-1977 годах был начальником цикла тактики артиллерии военной кафедры Коммунарского горно-металлургического института (Донбасский государственный технический университет, г. Алчевск). С 1977 г. – полковник в запасе. Иван Меркушев умер 26 ноября 1999 года, похоронен в Алчевске.