Школьный этап, самый массовый, проходит в сентябре-октябре. Учащиеся 5–11 классов могут участвовать во всех предметах (кроме химии и физики для 5-6 классов), а по математике и русскому языку – с 4 класса. График проведения в каждом регионе устанавливается самостоятельно. Победители и призеры заключительного этапа ВсОШ получают дипломы, действующие четыре года. Они дают право на поступление в вузы без вступительных испытаний по профилю олимпиады, а также возможность участвовать в сборах, международных олимпиадах и претендовать на грант Президента РФ. В прошлом учебном году в заключительном этапе участвовало более 9 тысяч школьников, более 4 тысяч получили дипломы. Министр просвещения РФ Сергей Кравцов отметил высокий уровень подготовки ребят. ВсОШ направлена на выявление и развитие способностей учащихся, их самоопределение и профориентацию.